性肽配基的有效方法。

    该方法一般包括以下步骤：

    1．通过蛋白质数据库或同源模建的方法获得目标蛋白质的相关结构信息。

    2．基于经验或分子模拟软件分析找到潜在的配基结合位点，这个位点可能是蛋白质的活性点，也可能是它的天然互补配基结合位点，或者是溶剂暴露区域等。

    3．建立一个含有大量候选分子的数据库，也可以利用商业化的数据库，如常用的剑桥结构数据库和现有化学品目录数据库等。

    4．利用分子对接软件进行配基的筛选，获得与目标蛋白具有较高亲和性的配基。

    5．最后利用分子显示和分子性质分析软件评价所获得的配基和目标蛋白的亲和性。

    ……

    李骁呆了一呆，忽然激动地道：“明白了！用《理性分子设计》的方式，我就能设计一种建模，对人类现有的5000种酶进行分析，并找到那种可能的酶的结构分子式。”

    只要这种酶的结构分子式得到，就能人工合成这种酶，那座茫茫大海中的小岛也就能找到了。

    至于建模的原则，对于李骁而言并不是难题，他已经有了肌纤维图纸，能够得出炎症细胞的基因特征，再把5000种酶的数据输入进去，足以构建起数学模型。

    现在唯一的难题，就是iGEM大赛报名截止还有半个月，他要在那之前拿出基本的方案，才能申报。

    他需要再一次和时间赛跑了！

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